graphiqe tikz (animé) avec R

Steven Neutral

Je vous ai promis une petite démo, la voici.

D'abord, juste pour vous montrer à quoi va ressembler l'anim, je la fais en GIF animé avec la package animation de R.

library(animation)
saveGIF({
  x <- xx <- rnorm(2)
  y <- yy <- rnorm(2)
  for(i in 1:100){
    dev.hold()
    plot(x, y, xlim=c(-20,20), ylim=c(-20,20), 
         pch=21, cex=3, col=c("red","green"), bg=c("yellow","cyan"))
    text(x, y)
    x <- x + rnorm(2)
    y <- y + rnorm(2)
    xx <- rbind(xx,x)
    yy <- rbind(yy,y)
    j <- 1
    segments(xx[1:(i-1),j], yy[1:(i-1),j], xx[2:i,j], yy[2:i,j], col="yellow")
    j <- 2
    segments(xx[1:(i-1),j], yy[1:(i-1),j], xx[2:i,j], yy[2:i,j], col="cyan")
    ani.pause()
  }
}, 
        outdir=getwd(), 
        interval = 0.1, 
        ani.width = 600, 
        ani.height = 600)

On compile ce code dans R et ça donne ce gif animé :
tikzDevice de R, le plus simple est d'utiliser knitr dans RStudio, qui permet d'intégrer directement du code R dans un document LaTeX, de générer le code tikz des figures R, et qui a une fonctionnalité spécialement conçue pour faire des animations avec le package animate de LaTeX (l'option fig.show="animate"). Let's go :

\documentclass{article}
\usepackage{animate} 

\begin{document}

Deux trajectoires d'une particule brownienne $\bigl(B_1(t),B_2(t)\bigr)$ :

% initialisiation :
<< echo=FALSE >>=
  x <- xx <- rnorm(2)
  y <- yy <- rnorm(2)
@

% animation :
\begin{figure}[!h]
<< echo=FALSE, fig.width=6, fig.height=6, out.width='.9\\linewidth', fig.show='animate', tidy=FALSE, crop=TRUE, dev='tikz' >>=
  for(i in 1:100){
    plot(x, y, xlim=c(-20,20), ylim=c(-20,20), 
         pch=21, cex=3, col=c("red","green"), bg=c("yellow","cyan"),
         xlab="$B_1(t)$", ylab="$B_2(t)$")
    legend("topleft", legend=paste0("$t=", i, "$"))
    text(x, y)
    x <- x + rnorm(2)
    y <- y + rnorm(2)
    xx <- rbind(xx,x)
    yy <- rbind(yy,y)
    j <- 1
    segments(xx[1:(i-1),j], yy[1:(i-1),j], xx[2:i,j], yy[2:i,j], col="yellow")
    j <- 2
    segments(xx[1:(i-1),j], yy[1:(i-1),j], xx[2:i,j], yy[2:i,j], col="cyan")
  }
@
\end{figure}

\end{document}

On ouvre ce code dans RStudio, on clique sur un bouton ("Compile PDF"), et voilà le résultat (le code LaTeX avec du tikz est généré aussi mais je n'inclus que le pdf, à ouvrir dans Acrobat) :

aléa

Impressionnant.

Je suppose qu'il faut passer un paramètre particulier à latex, pour qu'il autorise l'exécution externe de R par tikz ?

Steven Neutral

Non aléa, tout simplement R écrit le code LaTeX, et ensuite c'est LaTeX qui compile.

aléa

OK, je n'avais pas compris. Merci.

Steven Neutral

Petite vidéo de démo de RStudio+knitr par son auteur.

Infos utiles pour installer le package tikzDevice : http://lightonphiri.org/blog/r-graphical-representation-installing-tikzdevice-package

samok

Merci sieur Steven Neutral,

S

Steven Neutral

Hey attention ! Je vois qu'il y a des morceaux du code qui ne sont pas passés sur le forum (dans les deux lignes avec <>=).

[Correction faite. AD]