Test stat pour une expérience en neuroscience
dans Statistiques
Bien le bonjour Monde des chiffres !
Je vous consulte pour une petite lumière svp !
En fait, j'ai un petit souci de "choix de test ad hoc" dans mon expérience sur des ratons juvénile (recherche en neuroscience).
L'expérience consiste à exposer des ratons juvéniles (prénatalement exposés à un traitement) à deux tas de sciure, à distances égales :
1) sciure propre.
2) sciure de leur nid, donc imprégnée d'odeurs maternelles.
La direction du raton vers l'une des deux sciures ainsi que le temps de latence sont les observations à noter.
Il y a en tout 4 groupes expérimentaux : Contrôle, Traitement 1, Traitement 2, Traitement 3.
Je voudrais réaliser un test qui permet de prendre en considération les deux observations à la fois et faire une comparaison entre groupes afin de déduire l'impact des traitements appliqués in utérus sur la fonction olfactive.
Je vous serai extrêmement reconnaissante pour toutes vos éventuelles répliques.
P.S. Voici ci-dessous, une image (du net) qui illustre le test olfactif en question.
Cordialement
Je vous consulte pour une petite lumière svp !
En fait, j'ai un petit souci de "choix de test ad hoc" dans mon expérience sur des ratons juvénile (recherche en neuroscience).
L'expérience consiste à exposer des ratons juvéniles (prénatalement exposés à un traitement) à deux tas de sciure, à distances égales :
1) sciure propre.
2) sciure de leur nid, donc imprégnée d'odeurs maternelles.
La direction du raton vers l'une des deux sciures ainsi que le temps de latence sont les observations à noter.
Il y a en tout 4 groupes expérimentaux : Contrôle, Traitement 1, Traitement 2, Traitement 3.
Je voudrais réaliser un test qui permet de prendre en considération les deux observations à la fois et faire une comparaison entre groupes afin de déduire l'impact des traitements appliqués in utérus sur la fonction olfactive.
Je vous serai extrêmement reconnaissante pour toutes vos éventuelles répliques.
P.S. Voici ci-dessous, une image (du net) qui illustre le test olfactif en question.
Cordialement
Réponses
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Bonjour.
C'est vraiment un test, que tu veux faire, ou plutôt une analyse multifactorielle ? Car tu n'as pas dit quel type d'hypothèse tu veux tester. En général, dans des situations composites, on ne décide du tests qu'en ayant soigneusement défini l'hypothèse à tester, et le choix de cette hypothèse dépend d'ailleurs de ce qui est testable.
Cordialement. -
gerard0
Effectivement c'est une analyse que je veux réaliser pour tester le degrés d'influence de mon traitement prénatal sur la fonction olfactive.
L'hypothèse de départ stipule que les traitements appliqués n'ont pas d'impact sur le temps de latence et la direction choisie par le rat.
Cette hypothèse a été rejetée suite à une ANOVA one way sur uniquement le temps de latence.
Mon souci maintenant c'est comment analyser les deux observations à la fois étant donné qu'elles reflètent l'atteinte du système olfactif.
[Inutile de reproduire le message précédent. AD] -
Je ne suis pas spécialiste de ce genre de situation, d'autres te conseilleront peut-être. Tu n'as pas un biostatisticien parmi tes collègues ou dans un labo proche ?
En tout cas, utiliser comme réponses deux variables aussi différentes qu'un variable continue et une variable dichotomique ne simplifie pas l'analyse. Si tu penses que le rat devrait partir vers le bon tas, le temps de latence des autres n'a pas trop d'intérêt. Me semble-t-il.
Cordialement. -
Bonjour,
Je pense qu'une régression logistique pourrait être appliquée à ton problème. Peux-tu regarder cette piste et je fais de même de mon côté ?
Cordialement. -
gerard0 a écrit:Tu n'as pas un biostatisticien parmi tes collègues ou dans un labo proche ?
Eh bien les quelques-uns que j'ai consultés m'ont conseillé l'ANOVA two ways sans trop me convaincre ni me montrer comment le faire. J'ai fait des recherches sur ANOVA two ways et il semble qu'elle est carrément non applicable dans mon cas car il s'agit ici de multitude de "réponses" et non de facteurs.Si tu penses que le rat devrait partir vers le bon tas, le temps de latence des autres n'a pas trop d'intérêt. Me semble-t-il.
Parfois le rat choisit bel est bien la bonne direction mais après un temps considérable. Cela témoigne d'une certaine difficulté dans la détection du nid => Éventuel trouble de l'odorat, tu vois le rapport ? C'est pour cela il est important d'exploiter les deux réponses à la fois, ne serait-ce que par une présentation graphique de leur interaction.
Bien cordialement. -
Effectivement,
une anova à deux variables ne semble pas utilisable, puisque tu n'as pas une seule réponse, mais un couple (temps, bon côté ou pas) de réponses. de plus, la réponse "côté" n'est pas numérique. Même si tu peux fabriquer des nombres en combinant les deux (temps si bon côté, -2 fois le temps si mauvais côté par exemple).
Cordialement. -
@jma
Bonsoir,
Merci beaucoup pour le tuyau car je ne connais pas cette analyse et d'après une recherche sur le net, elle correspond à ce que veux réaliser. Elle permet en fait de "évaluer la relation entre une variable binaire et une ou plusieurs explicatives". Mais je vois que c'est bien tordu comme analyse.
Je me demande du coup si l'ACP (qui semble être plus facile à réaliser) permet également d'avoir une évaluation pareil avec mes données?
Bien à vous -
Bonsoir,
Oui, le modèle logistique est adapté à ta situation.mais, comme tu le dis, il est plus complexe. Je vais dans les jours qui viennent te donner un formalisation de l'expérience et des conseils d'interprétation. Honnêtement, il n'y a pas assez de variables pour une ACP. De plus, c'est une technique importante de visualisation mais pas explicative.
À bientôt. -
Bien le bonsoir,
@jma
Oui c'est ce que j'ai aussi, il faut beaucoup de composants et un grand nombre de données pour réaliser une ACP. Mais bon je me suis dit qu'au pire cas, je pourrais faire une simple ANOVA one way pour une seule réponse (le temps latence) et une représentation graphique illustrant le lien entre les deux réponses (direction + temps de latence).
Je te remercie beaucoup d'avoir pris la peine et le temps pour m'aider
À bientôt.
Cordialement. -
Bonjour,
Je résume et, de manière sûrement très schématique, l'expérimentation effectuée. Trois groupes de ratons ont été exposés à trois traitements notés $T_{1}$, $T_{2}$, $T_{3}$ in uterus et un autre groupe témoin n'a pas été exposé $T_{0}$. Suite à cette phase, il est observé si les ratons de chaque groupe se dirigent, après un temps de latence $L$, vers une sciure imprégnée de l'odeur de leurs mères $Y=1$ ou d'une sciure neutre $Y=0$. Les traitements appliqués sont testés pour voir leurs effets sur les préférences olfactives des ratons.
Il s'agit alors d'observer et, possiblement d'expliquer, la variable à expliquer $Y$ (reconnaissance olfactive de l'odeur maternelle) par les variables explicatives des traitements $T_{0}$, $T_{1}$, $T_{2}$, $T_{3}$ et du temps de latence $L$. La problématique et la nature des variables nous mène vers l'application d'un modèle logistique binaire qui a fait ces preuves en biostatistique et en recherche clinique.
On fera un exposé minimaliste du modèle logistique binaire permettant en partie sa compréhension. Puis, on présentera deux exemples (un avec une variable explicative qualitative et l'autre avec deux variables, une qualitative et une quantitative).
Le modèle d'intérêt sera présenté après une utilisation d'un logiciel (par exemple R) sur les données recueillies et, en tirer des enseignements.
Finalement, on évoquera superficiellement des aspects mathématiques pour l'obtention des différents calculs et quantités pour ne pas être totalement démuni si des questions sont posées.
Est-ce que tu penses que ce déroulement pourra t'aider et, quel logiciel utilises-tu ? Je pense qu'il sera plus facile d'échanger par messagerie privée donc tu peux me joindre comme cela.
Cordialement. -
Bien le bonjour,
@jma
Tu as très bien schématisé l’expérimentation et l'objectif de l'analyse statistique en vue!! et je suis partante pour ce que tu as proposé; l'initiation à la régression logistique avec un exemple et son application sur mes données.
En fait, j'utilise "Minitab 13" pour traiter mes données, il est simple et efficace. J'espère qu'il fera l'affaire avec la régression logistique.
On peut se joindre par MP bien sûr.
Bien à toi.
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Bonjour!
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